1、甲基化測序種類
1、WGBS甲基化測序（全基因組甲基化測序）
2、RRBS甲基化測序
3、MeDIP甲基化測序
4、Human靶向甲基化測序
5、mRNA甲基化測序
2、各類甲基化測序的優(yōu)勢
1、WGBS甲基化測序（全基因組甲基化測序）
1） 全基因組范圍內(nèi)定量的分析甲基化位點(diǎn)
2） 單堿基分辨率
3） Bisulfite的轉(zhuǎn)化效率達(dá)99％以上
2、RRBS甲基化測序
1） 直接針對酶切富集啟動(dòng)子區(qū)域以及CpG島區(qū)域進(jìn)行甲基化研究
2）DNA甲基化狀態(tài)檢測的高分辨率和測序數(shù)據(jù)的高利用率，有效增加了測序深度。
3）可以與單細(xì)胞測序技術(shù)結(jié)合，進(jìn)行細(xì)胞細(xì)胞RRBS測序
3、MeDIP甲基化測序
1） 全轉(zhuǎn)錄組范圍研究mRNA的甲基化位點(diǎn)
2） 通過抗體富集的方法，充分利用了抗體的靈敏性
3） 分析方法類似ChIP-seq，數(shù)據(jù)分析相對成熟
4、Human靶向甲基化測序
安捷倫SureSelect靶向序列捕獲試劑盒優(yōu)勢
? 探針設(shè)計(jì)：cRNA探針長度>120bp，更有效捕獲變異序列，比DNA探針更有效捕獲DNA目標(biāo)序列；僅需24小時(shí)雜交，3 μg起始量gDNA，將PCR所需循環(huán)數(shù)降至最低。
? 檢測精度高：單堿基分辨率，精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)。
? 效率高，耗時(shí)少：借助新一代高通量測序平臺(tái)可檢測除CpG島外的shore and shelf ±4kb的范圍區(qū)域，穩(wěn)定可靠的液相靶向捕獲測序技術(shù)。
羅氏SeqCap Epi甲基化富集試劑盒技術(shù)優(yōu)勢：
? 實(shí)驗(yàn)流程：先重亞硫酸鹽處理后捕獲，捕獲后多樣性高，重復(fù)性好。
? 探針生產(chǎn)：針對區(qū)段各種甲基化情況獨(dú)立設(shè)計(jì)的探針確保所有甲基化位點(diǎn)的有效捕獲。
? 雙鏈捕獲：與單鏈捕獲相比雙鏈捕獲能提供多態(tài)性信息，提高甲基化分析的正確性。
? 定制設(shè)計(jì)：更關(guān)注于感興趣的區(qū)域（DMR），或者非人類的甲基化，更多收獲需要更少的樣本起始量，低至1ug。
捕獲試劑盒產(chǎn)品規(guī)格：
1. 目錄產(chǎn)品
SureSelectXT Human Methyl-Seq（84M 區(qū)域）
捕獲的區(qū)域通常包括CpG島，Ensemble數(shù)據(jù)庫中的調(diào)控元件，癌癥組織特異的DMRs，ENCODE promoters，DNAsel超敏感位點(diǎn)，參考基因等。
SeqCap Epi CpGiant（80.5M區(qū)域）
包含了Illumina Infinium Human Mthylation 450K的所有甲基化位點(diǎn)及其附近的區(qū)域，覆蓋了人類基因組上大于5.5 million個(gè)CpG位點(diǎn)。
2. 定制產(chǎn)品
安捷倫定制甲基化捕獲區(qū)域分別有：（16個(gè)樣本起訂）1k-499k、0.5M-2.9M、3M-5.9M、6M-11.9M、 12M-24M
羅氏定制甲基化捕獲區(qū)域有：
SeqCap Epi Choice Enrichment Kits（人類特定基因組定制設(shè)計(jì)）：小區(qū)域（ <30M），中等區(qū)域（30-60M），大區(qū)域（60-90M）；包裝數(shù)：4,48,384
SeqCap Epi Developer Enrichment Kits（非人特定基因組定制以及超大區(qū)域的人類基因組）：小區(qū)域（ <30M），中等區(qū)域（30-60M），大區(qū)域（60-90M），超大區(qū)域（90-210M）；包裝數(shù)：12,48,384
5、mRNA甲基化測序
表觀遺傳修飾不僅發(fā)生在基因組層面（DNA甲基化），同樣在轉(zhuǎn)錄組層面也有表觀修飾，并且其中重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能。早在四十年前，人們就發(fā)現(xiàn)信使RNA上存在著腺嘌呤上的甲基化修飾（m6A）。這種m6A修飾非常普遍，出現(xiàn)頻率大約是3-5個(gè)殘基/mRNA。m6A甲基化修飾是可逆的，而且可能受到了動(dòng)態(tài)調(diào)控。m6A的甲基化和去甲基化受到甲基化酶復(fù)合體METLE3，METLE14，WTAP和去甲基化酶FTO調(diào)控。m6A在人類和小鼠的轉(zhuǎn)錄組中非常保守，這說明這種修飾很可能具有重要的功能。m6A與mRNA剪切，生物鐘調(diào)節(jié)，mRNA的穩(wěn)定性相關(guān)。此外，m6A通過招募YTHDF2誘導(dǎo)mRNA從翻譯中的核糖體轉(zhuǎn)移到細(xì)胞質(zhì)的P-body，并在那里被降解。而且mRNA的降解程度與其甲基化位點(diǎn)數(shù)有關(guān)。
對于mRNA甲基化的檢測，目前采用：甲基化mRNA富集并結(jié)合高通量測序（MeRIP-Seq, m6A-specificmethylated RNA immunoprecipitation with nextgenerationsequencing）的方法。MeRIP -Seq的原理是：由于在哺乳動(dòng)物中mRNA甲基化一般發(fā)生在腺嘌呤的第6位氮原子上，所以可通過特異性結(jié)合m6A抗體富集高甲基化的mRNA片段，并結(jié)合第二代高通量測序，對富集到的mRNA片段進(jìn)行測序，從而檢測全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)的甲基化位點(diǎn)。
