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1、技術介紹

DNA甲基化在基因表達調控中扮演著重要的角色，參與生物體多種重要的生命活動。此外，DNA甲基化異常及其對基因表達的影響會導致人類的許多復雜疾病的發(fā)生，如癌癥、神經(jīng)疾病和糖尿病等。為了研究甲基化在人體內(nèi)的重要作用，加速甲基化研究的臨床進展，Illumina推出了高通量的450k甲基化芯片，并取得巨大成功。在此基礎上，Illumina推出了新一代的升級版甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip（簡稱850k芯片），為研究者提供了一個更經(jīng)濟可靠的甲基化研究平臺。 

Infinium MethylationEPIC BeadChip（簡稱850k芯片） 

850K芯片可檢測人全基因組約853,307個CpG位點的甲基化狀態(tài)，其中包含了原450K芯片91%的位點，并增加了413,745個位點。850K芯片不但保持了對CpG島，基因啟動子區(qū)的全面覆蓋，還特別加強了增強子區(qū)（來源于ENCODE及FANTOM5的最新研究進展）及基因編碼區(qū)的探針覆蓋?？蓮V泛應用于干細胞研究、腫瘤和其他復雜疾病研究，是更適合于表觀基因組全關聯(lián)分析研究（EWAS）的一款芯片。

850k芯片覆蓋位點

1. 涵蓋Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中90%以上的位點

2. CpG島以外的CpG位點

3. 人類干細胞中的非CpG甲基化位點（CHH位點）

4. 正常組織與腫瘤（多種癌癥）組織差異甲基化位點

5. FANTOM5增強子

6. ENCODE開放染色質和增強子

7. 脫氧核糖核酸酶超敏位點

8. miRNA啟動子區(qū)域

850k芯片優(yōu)勢

1. 全面的基因組覆蓋范圍：檢測> 850,000個CpG位點，全面覆蓋CpG島、啟動子、編碼區(qū)及增強子。

2. 高質量的數(shù)據(jù)：沿用了450k芯片的Infinium技術，同時采用Infinium I及II探針設計，使檢測范圍最大化。

3. 分辨率高：單堿基分辨率，可以直接檢測到發(fā)生甲基化的準確位點。

4. 可重復性高：自身技術重復間的相關性以及與450K相同探針間的相關性R2 > 0.98。

5. 起始模板量低：僅需 250ng，大大節(jié)約了樣品量。

6. 適用于FFPE樣本。

2、技術路線

3、樣品要求

1. 樣品總量：每個樣品總量不少于2ug。

2. 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/ul。

3. 樣品純度：OD 260/280值應在1.7～1.9 之間。

4. 樣品質量：基因組完整、無降解、無RNA污染。

5. 樣品運輸：DNA低溫運輸（-20℃）；且在運輸過程中請用封口膜將樣本密封好，以防出現(xiàn)污染。